St. Nikolai gilt als die Hauptkirche Stralsunds, was auf ihre Lage in der ursprünglichen Altstadt, direkt neben dem Stralsunder Rathaus, zurückzuführen ist. Hier wurden nicht nur Gottesdienste, sondern auch Ratssitzungen abgehalten, Gesandtschaften empfangen und Geschäfte getätigt. Ratsschreiber und Ratsarchiv hatten hier ihre Räume. Gesetze und Verordnungen gab der Rat in der Nikolaikirche bekannt. Sie wurde zunächst als Hallenkirche mit einem Turm errichtet. Planung und Bau der Kirche im ältesten Teil der Stralsunder Altstadt gingen einher mit der Planung des Stralsunder Rathauses am Alten Markt. Vermögensverwalter für den Kirchenneubau war der Rat der Stadt. Hier wird schon deutlich, dass beide Bauten in Verbindung zueinander stehen. Diese Verbindung war gewollt und äußerte sich in der Tatsache, dass St. Nikolai von Beginn an die Ratskirche war. Nach dem Vorbild der Lübecker Marienkirche wurde die noch nicht fertiggestellte Stralsunder Nikolaikirche um 1270 - das Jahr der ersten urkundlichen Erwähnung - zu einer Basilika umgebaut. Zur Errichtung des neuen Chors wurde der gerade fertiggestellte Chor der Hallenkirche abgetragen. Von Beginn an wurde der Kirchbau mit Backstein vorangetrieben. Im Laufe der Zeit wurden dabei mindestens 65 verschiedene Formsteintypen verbaut. Den Backstein bezogen die Bauleute aus Werkstätten der Region. Nach den Grundmauern wurde mit dem Mauerwerk des Langchores begonnen. Dabei richtete man sich an den Mauern des Vorgängerbaus aus; die Mauern des Langchores sind wohl aus diesem Grund ungleich lang und nicht parallel. Um 1308 wurde die Umfassungsmauer des Chores geschlossen. Mit Beginn der Bauarbeiten an den neuen Chorpfeilern wurde der Ostteil der Vorgängerkirche, der bis dahin noch genutzt worden war, endgültig abgebrochen. Bereits um 1300 begann der Bau des Turmes westlich der alten Nikolaikirche. Um 1314, der Turm hatte mit 13 Metern die Höhe der Chorumfassung erreicht, entschloss sich der Rat, zwei Türme bauen zu lassen. Zu Ostern 1318 begann der Bau des Langhauses, wie eine Kalksteinplatte, die sich heute nördlich des großen Westportals befindet, verkündet. Danach wurde das Erdgeschoss des nördlichen Turms sowie die daran angeschlossene Annenkapelle errichtet, anschließend der Unterbau des Südturms sowie die Außenmauer des westlichen Langhauses und die Pfeiler am Langhaus, wofür die Reste der Vorgängerkirche abgerissen wurden. Von den beiden Türmen wurde der Südturm zuerst vollendet, wahrscheinlich im frühen 15. Jahrhundert, anschließend der Nordturm; beide gotische Türme waren gleich hoch. Bei einem Brand im Jahr 1662, der von der Jacobikirche ausging, wurden die hölzernen Turmaufbauten zerstört. Im Jahr 1667 wurde daraufhin der südliche Turm mit einer Barockhaube versehen; der nördliche Turm erhielt nur ein Notdach. Typisch Provisorium: dabei ist es bis heute geblieben. St. Nikolai verfügt über drei Orgeln, wobei die Buchholz-Orgel von 1841 die größte und bedeutendste ist.