Die urkundliche Erwähnung des Dorfes Beidendorf findet man in den Registern der Bischöfe zu Ratzeburg: 1230 wird dort zusammen mit der Nennung des Ortes auch ein Mann Beye erwähnt, dessen Name zweifelsohne mit der Bezeichnung des Ortes in Zusammenhang steht. Im Mittelalter wurde das Dorf zu einem Sammelpunkt der Stände des alten Landes Mecklenburg. Hinrik von Stralendorf ist zu dieser Zeit ein mächtiger Einwohner. Er bezog besonders in den 30er-Jahren jenes Jahrhunderts erhebliche Einkünfte aus dem Dorf, die er für entsprechende Kapitalzahlungen an den Ratsherren Hinrik Weseborn in Wismar abtrat. 1524 überließ Herzog Albrecht von Mecklenburg das Dorf seinem Rat und Ritter Matthias von Oertzen als Gnadenlehen. Im Besitz dieser Familie verblieb das Dorf bis 1609. Als Nachfolger bis 1772 erscheinen in den Urkunden dann die Brüder Hartwig und Joachim von Bülow auf Plüschow, die auch den ehemaligen Lehnbesitz der Familie von Lohe in Beidendorf und Scharfstorf antraten. In den folgenden Jahren wechselten die Besitzer des Dorfes häufig. Der Einfluß der alteingesessenen Adelsgeschlechter wich dem neuen Bürgertum, die zunehmend als Gutsbesitzer in Erscheinung traten, so z. B. die Familie Rodde aus Lübeck.

Die Kirche ist ein norddeutscher, gotischer Backsteinbau, der teilweise auf einem Granitsockel ruht. Der Chor ist fast quadratisch und um eine Stufe gegenüber dem Kirchenschiff erhöht. Das Mauerwerk ist unter Verwendung zahlreicher behauener Granitsteine errichtet worden. Chor und Schiff sowie die an der Nordostecke des Baus angesetzte Sakristei sind mit je zwei Kreuzgewölben versehen. Die weit ragenden Gewölbe des Langhauses werden durch die aussen angebrachten Stützpfeiler abgefangen. Der älteste Teil des Bauwerkes – der Chor – ist in die zweite Hälfte des 13. Jahrhunderts einzuordnen. Die Errichtung des Schiffes erfolgte viel später. Der Turm kam als jüngster Bauabschnitt hinzu. Seine massive Gestalt mit den vier Schildgiebeln endet in Form einer achteckigen Pyramide als Turmhelm.